Я тоже сталкивался с такой проблемой — десна болела, а зуб вроде бы целый. Делал томографию, и там оказалось воспаление под корнем. Обычный рентген может и не показать всех деталей, так что ваш врач прав. В Рыбинске можно найти клиники, где делают конусно-лучевую томографию, и это даст полную картину, что происходит с зубом и корнем.