«Дистанционно» на Ваш вопрос ответить трудно. Были ли травмы суставов, Ваша наследственность, строение фигуры и пр., и пр.
Считаю, что 30 лет – это уже не возраст постановки рекордов (я вообще противник профессионального спорта – слишком много лечил «спортсменов в возрасте после 40-50 лет). Для «здоровья» заниматься спортом необходимо.
Возможно, дистанция в 5 километров для 30-летнего мужчины – нормально, и появление болей после этого является патологией (каков Ваш вес?).
Хруст в суставах – это нормальное явление, и не рассматривается как проявление патологии.
Если Вас волнует состояние здоровья, то, наверно, показана консультация ортопеда либо ревматолога.